目的 了解新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情下晚期新生儿常见呼吸道病毒及非典型病原体流行特点及非药物干预措施(NPIs)对新生儿呼吸道病原体的影响。方法 纳入2018年1月—2023年2月因呼吸道感染症状在苏州大学附属儿童医院治疗的2 452例晚期新生儿为研究对象，以2018年1月—2019年12月的数据作为疫情管控前组，2020年1月—2021年12月的数据作为疫情管控后组。回顾性分析COVID-19疫情下患儿住院期间8种常见病原体核酸检测结果变化；对2020年3月—2023年2月的数据进行比较，总结COVID-19疫情常态化后不同季节新生儿呼吸道病原体的流行病学特点。结果 2 452例住院患儿病原体阳性例数为364例(14.85%),其中呼吸道合胞病毒(RSV)检出率最高为262例(10.69%),其次为副流感病毒(PIVS)64例(2.61%)。COVID-19疫情管控前后8种病原体核酸的阳性总检出例数分别为229例(17.1%)、96例(12.3%),疫情管控后检出率低于管控前，差异有统计学意义(P<0.05);疫情管控后8种病原体检出率均较管控前降低，但仅RSV检出率的差异有统计学意义(P<0.05)。疫情管控后RSV阳性例数峰值月份较管控前延迟1个月，2022年的RSV发病出现2次高峰。PIVS在疫情管控前多发于春、夏、秋季，管控后冬季多发，并在管控后检测到的阳性峰值较管控前高；PIVS感染的季节性发生变化。结论 COVID-19疫情管控后，苏州晚期新生儿呼吸道感染常见病原体检出率和流行病学发生改变，采取戴口罩、手卫生消毒、保持社交距离、非必要不外出等NPIs对呼吸道病原体的爆发有一定的防范作用。