湖羊lncRNA-269的鉴定及转录调控分析

舒嘉傲, 曹少先, 孟春花, 钱勇, 张俊, 张建丽, 丁强, 李隐侠, 李齐发

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南京农业大学学报 ›› 2024, Vol. 47 ›› Issue (01) : 174-182.

湖羊lncRNA-269的鉴定及转录调控分析

  • 舒嘉傲, 曹少先, 孟春花, 钱勇, 张俊, 张建丽, 丁强, 李隐侠, 李齐发
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摘要

[目的]本文旨在研究湖羊长链非编码RNA-269(long no-coding RNA-269,lncRNA-269)序列特征、表达模式和转录调控,为后续开展lncRNA-269的功能研究提供理论基础。[方法]以湖羊为研究对象,采用5′/3′RACE结合PCR扩增方法获得其序列全长,利用RT-qPCR方法鉴定其在湖羊组织中的表达模式,并利用PCR方法扩增其启动子区,鉴定其启动子区特征,分析其转录调控情况。[结果]湖羊lncRNA-269全长3 146 bp,组织表达谱显示其在湖羊各组织中广泛表达,且在健康卵泡中显著高表达,其表达水平与NR5A1 mRNA水平和血清中雌二醇(E_2)水平呈正相关。荧光素酶活性分析发现在lncRNA-269启动子区的-359~-17 nt有1个转录激活基序,在-1 485~-942 nt有1个转录抑制基序。JASPAR软件预测发现在lncRNA-269转录抑制启动子区域存在FOXO3、PDX1等转录因子结合位点,在转录激活区域有SMAD4、YY1等转录因子结合位点。过表达SMAD4可显著提升lncRNA-269启动子区荧光素酶活性,染色质免疫沉淀(ChIP)-PCR试验进一步确认了SMAD4特异性与lncRNA-269启动子区结合。[结论]湖羊lncRNA-269在健康卵泡中显著高表达,其启动子区存在一个转录激活区域和一个转录抑制区域,转录因子SMAD4可通过与lncRNA-269启动子区结合显著上调lncRNA-269的启动子活性。

关键词

湖羊 / 卵巢卵泡 / lncRNA-269 / 5′/3′RACE / 染色质免疫沉淀(ChIP)

中图分类号

S826

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舒嘉傲, 曹少先, 孟春花, 钱勇, 张俊, 张建丽, 丁强, 李隐侠, 李齐发. 湖羊lncRNA-269的鉴定及转录调控分析. 南京农业大学学报. 2024, 47(01): 174-182

基金

国家自然科学基金项目(32102550)

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