[目的]本试验旨在研究不同精液质量公猪粪便的菌群组成、睾酮及内毒素水平，分析粪便菌群丰度与精液质量、睾酮及内毒素的相关性，为通过调控公猪肠道菌群改善精液质量提供依据。[方法]依据试验前3个月的所有公猪精液质量参数，挑选33头日龄(479.33±2.85)和体况相近的大约克公猪，划分为低质量精液(LSQ)组(12头)和高质量精液(HSQ)组(21头)。采集试验公猪新鲜粪便进行睾酮和内毒素水平检测，并通过16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)基因测序技术分析粪便的菌群组成。[结果]HSQ组公猪粪便睾酮水平显著高于LSQ组(P<0.01),内毒素水平无显著差异。HSQ组和LSQ组的公猪粪便菌群存在3个差异菌科和5个差异菌属。在科水平上，Eubacterium＿coprostanoligenes＿group在LSQ组中显著富集(P<0.05),Atopobiaceae和Akkermansiaceae在HSQ组中显著富集(P<0.05);在属水平上，g＿norank＿f＿Eubacterium＿coprostanoligenes＿group和Faecalibaculum在LSQ组中显著富集(P<0.05),g＿norank＿f＿Atopobiaceae、Akkermansia和Clostridium＿sensu＿stricto＿6在HSQ组中显著富集(P<0.05)。Eubacterium＿coprostanoligenes＿group丰度与精子活力及精子密度存在显著的负相关关系(P<0.01),与粪便睾酮水平呈负相关(P=0.11);Atopobiaceae丰度与精子活力、精子密度和粪便睾酮水平存在显著的正相关关系(P<0.05);Akkermansiaceae丰度与精子活力(P<0.01)及精子密度(P<0.05)存在显著的正相关关系，与粪便睾酮水平呈正相关(P=0.09)。[结论]不同精液质量的公猪粪便睾酮水平和菌群组成存在差异，公猪粪便菌群结构与精液质量、粪便睾酮水平存在不同程度的相关性，研究结果为通过调控肠道菌群来改善公猪精液质量提供新的理论支撑。