脑卒中后抑郁（post-stroke depression,PSD）是脑卒中患者的一个重要并发症和痛苦来源，发病率高，起病隐蔽，容易被忽视，会严重降低患者整体生活质量，阻碍卒中后康复进程，对神经系统的正常功能产生重大影响。目前研究发现，脑卒中后抑郁症的发生与人体肠道微生物（gut microbiota,GM）存在密切联系。现有大量动物实验和临床研究表明，GM主要通过下丘脑-垂体-肾上腺（hypothalamic-pituitary-adrenal,HPA）轴功能、炎症反应、神经递质传导、迷走神经、脂质代谢和脑源性神经营养因子（brain-derived neurotrophic factor,BDNF）等方面影响PSD。文章重点通过中药单体柴胡、远志、葛根、肉苁蓉、五味子及中药复方舒肝解郁胶囊、逍遥散、开心散、越鞠丸、栀子豉汤、养心解郁汤、舒肝和胃煎剂，从抑制炎症反应，调节HPA轴，增加脑内5-羟色胺（5-HT）等神经递质的分泌几个方面，揭示中药及中药复方影响GM从而参与抑郁症的多层次靶向治疗，希望可以为中医药防治抑郁症提供新的思路和策略。