功能性消化不良伴情绪障碍是临床上较为常见的一种消化系统疾病，其发病机制复杂多样，现有治疗手段效果不尽如人意。脑肠轴的异常目前已被证实是功能性消化不良伴情绪障碍十分重要的发病机制。中医认为该病多属“胃脘痛”“胃痞”等范畴，病机关键在于心胃同病、心肠同病，心神内伤。基于中医心主神明、心合小肠、心胃相关理论，可认为“心”的功能失调与该病的发生发展密切相关。其中，心合小肠理论与现代医学提出的脑肠轴学说具有相通之处。此外，脑肠轴的现代研究也间接证实了心合小肠理论的合理性。该文提出功能性消化不良伴情绪障碍的主要病位在心、胃、小肠，治疗当从“心”论治，运用补心安神法、心肠同治法、心胃同治法，可为丰富脑肠轴的生物学内涵及中医“心合小肠”学说提供一定的理论依据，并为中医药治疗功能性消化不良伴情绪障碍提供新思路。