目的：短链脂肪酸(short chain fatty acids,SCFAs)是肠道菌群的一类重要代谢产物，与代谢性疾病密切相关，亦是中医药整体调控代谢性疾病的重要信号分子。本研究考察不同贮存条件对粪便SCFAs含量的影响，以期为代谢性疾病相关的SCFAs检测提供参考。方法：利用气相色谱法，检测粪便原样品及粪便处理后样品2种贮存形式在不同贮存温度(室温、-20℃、-80℃)及不同贮存时间(0、2、4、6、8 h或1、3、7、15、30 d)下SCFAs的含量，并利用相对标准偏差(relative standard deviation,RSD)评价粪便样品在不同贮存温度下的稳定性。结果：不同温度下粪便处理后样品SCFAs含量RSD值的变化范围均小于粪便原样品；不同贮存形式的样品在-80℃条件下的SCFAs含量RSD值的变化范围均小于-20℃；粪便处理后样品SCFAs含量在不同贮存温度下RSD变化范围均较小，粪便原样品在-20℃条件下放置15 d内SCFAs含量无显著变化，在-80℃条件下放置30 d内SCFAs含量无显著变化。结论：粪便处理后样品中SCFAs含量稳定性优于粪便原样品，获取粪便样品后，应及时对粪便进行前处理。若粪便样品不能及时进行前处理，可将粪便样品暂置于-20℃或-80℃条件下贮存，-20℃条件下贮存15 d内或-80℃条件下贮存30 d内，其SCFAs含量具有良好的稳定性。