生物体内代谢物的变化对于反映疾病的发生和发展过程及药物的作用机制、毒性具有重要意义。空间代谢组学是基于质谱成像的一门新技术，可直接从组织中获得代谢物的各种信息。它与传统代谢组学相比，具有周期短、无需基质、免标记等优势，规避了传统代谢组学损失空间信息的瓶颈。该技术应用范围涵盖肿瘤、代谢性疾病、感染性疾病的分型、诊疗、预后评估，以及药物、药用活性成分研究。然而，空间代谢组学也存在一系列不足之处，如分辨率和灵敏度的相互制约关系、精确鉴定和定量检测的局限性。空间代谢组学的发展有望推动药物改良、促进合理用药。