目的：腹膜假黏液瘤(pseudomyxoma peritonei,PMP)是一种罕见的腹膜恶性肿瘤综合征，其来源鉴别较困难。本研究旨在探讨SEPTIN9与HOXA9基因在阑尾黏液性肿瘤来源的PMP(appendiceal mucinous neoplasms-PMP,AMNs-PMP)与卵巢黏液性肿瘤来源的PMP(ovarian mucinous tumors-PMP,OMTs-PMP)中的甲基化水平及其对PMP鉴别的意义。方法：采用甲基化特异度聚合酶链反应(methylation-specific polymerase chain reaction,MS-PCR)检测SEPTIN9与HOXA9基因在正常阑尾(appendix control,APD control)组(n=10)、正常卵巢(ovary control,OV control)组(n=17)、AMNs-PMP组(n=40)及OMTs-PMP组(n=19)中的甲基化水平，同时对AMNs-PMP组及OMTs-PMP组的组织样本进行细胞角蛋白(cytokeratin,CK)7、CK20免疫组织化学检测。通过t检验分析SEPTIN9及HOXA9基因甲基化在AMNs-PMP组及OMTs-PMP组中表达差异并分析其与免疫组织化学联合检测的作用及价值。结果：AMNs-PMP组中SEPTIN9基因甲基化的阳性率明显高于OMTs-PMP组(92.5%vs 63.2%,P<0.01);OMTs-PMP组中HOXA9基因甲基化的阳性率显著高于AMNs-PMP组(94.7%vs 12.5%,P<0.001)。OMTs-PMP组中HOXA9基因甲基化的ΔCt值显著低于AMNs-PMP组(3.20±0.47 vs 8.63±0.61,P<0.001)。OMTs-PMP组中CK7的阳性率显著高于AMNs-PMP组(94.7%vs17.5%,P<0.001),AMNs-PMP组中CK20的阳性率显著高于OMTs-PMP组(97.5%vs 63.2%,P<0.001)。CK7(-)CK20(+)与SEPTIN9(+)HOXA9(-)基因甲基化在AMNs-PMP中诊断均有较高的敏感度(82.5%vs 87.5%)和特异度(均为94.7%);CK7(+)CK20(-)与SEPTIN9(-)HOXA9(+)基因甲基化在OMTs-PMP诊断中均有较低的敏感度(均为36.8%)、较高的特异度(97.5%vs 92.5%)，而CK7(+)HOXA9(+)在与前2种组合特异度相似的情况下，其敏感度为89.5%，显著高于前二者。结论：SEPTIN9(+)HOXA9(-)可用于AMNs-PMP诊断，CK7(+)HOXA9(+)可用于OMTs-PMP诊断。SEPTIN9与HOXA9基因甲基化可成为AMNs-PMP及OMTs-PMP的潜在生物学标志物。