目的 探究叉头盒E1 (FOXE1)基因所在单倍型区域hg19 chr9:100560865-100660865附近的单核苷酸多态性（SNPs）位点与中国西部汉族人群非综合征型唇腭裂（NSCL/P）发生的相关性。方法 第一阶段纳入159名NSCL/P患者，采用目标区域捕获测序的方法，拟筛查FOXE1基因所在单倍型区域附近与NSCL/P发生相关的SNPs位点。第二阶段，选择21个常见SNPs位点，在1 000名非综合征型单纯唇裂（NSCLO）患者，1 000名非综合征型单纯腭裂（NSCPO）患者和1 000名正常对照样本中进行验证。使用PLINK软件对研究人群进行哈迪-温伯格平衡（HWE）分析，对常见变异进行关联分析，对罕见变异进行基因负荷分析并使用Mutation Taster等软件对非同义突变的SNPs进行功能预测。结果 第一阶段，共筛选出126个变异位点，包括76个SNPs变异位点和50个插入/缺失。纳入的所有SNPs在研究人群中遵循HWE。对筛选出的罕见变异进行功能有害性预测和基因负荷分析，差异均无统计学意义；对常见变异的关联分析表明，FOXE1基因的rs13292899位点与NSCL/P发生显著相关（P=1.85E-27），并且该位点与NSCLO (P=6.41E-23)、NSCLP (P=2.36E-15)发生也有相关性。随后在验证阶段，发现rs79268293 (P=0.013,P=0.022)、rs10983951 (P=0.009 2,P=0.007 6)、rs117227387 (P=0.0092, P=0.0076)、 rs3758250 (P=0.0092, P=0.0076)和rs116899397 (P=0.0092, P=0.007 6)，这5个SNPs位点与NSCLO和NSCPO均有显著关联性；另外，rs13292899 (P=0.008 5)、rs74606599(P=0.008 3)、 rs143226042 (P=0.008 3)和rs117236550 (P=0.01)，这4个SNPs位点与NSCLO发生相关；rs12343182 (P=0.0087)、 rs10119760 (P=0.012)、 rs10113907 (P=0.012)和rs13299924 (P=0.012)，这4个SNPs位点与NSCPO发生相关。结论 本研究在FOXE1基因上发现了一个新的易感SNPs位点rs13292899与NSCL/P及NSCLO发生密切相关，以及其他13个SNPs位点与NSCLO或NSCPO发生相关。