人体表面存在大量微生物，其中肠道是微生物的主要栖息地。肠道微生物群落由数千种细菌、病毒、真菌和原生生物组成，形成庞大且动态的微生物生态系统，其中肠道细菌是肠道微生物群落的最主要组成部分。作为肠道免疫系统的核心组成部分，肠道单核巨噬系统处于宿主与微生物组交互的关键位置，频繁直接或间接接触大量外来抗原，在区分食物抗原和共生菌的过程中发挥着关键作用。肠道巨噬细胞既可由血液单核细胞分化而来，也可在胚胎发育过程中形成，并在出生前定位于特定的组织生态位中。这些驻留在肠道的巨噬细胞因个体发育、组织位置和功能编程等因素表现出显著的异质性，从而根据其所在微环境的不同而表现出不同的功能表型。其中，肠道菌群通过直接和间接作用在塑造肠道巨噬细胞的过程中起到至关重要的作用，从而对肠道疾病的发生、发展产生重要的影响。同时，巨噬免疫反应对于塑造微生物的群落，并且将微生物生态塑造成有利于宿主代谢活动方面也起着重要作用。肠道巨噬细胞与菌群的相互作用在多种肠道疾病（如炎症性肠病、抗生素相关性肠炎和肠易激综合征）中起到了重要作用。本篇综述重点介绍肠道巨噬细胞的来源、特点及其功能，并探讨巨噬细胞与肠道菌群之间的相互作用及其在肠道疾病中作用的研究进展。