目的：探究牛奶蛋白过敏（CMPA）婴儿肠道菌群多样性及门属种丰度变化，为CMPA婴儿早防早治提供理论依据。方法：选取确诊CMPA婴儿粪便18例及健康婴儿12例新鲜粪便标本，采用宏基因组测序方法检测两组粪便中的肠道菌群，对检测结果进行生物信息学分析，从多样性、结构上比较两组的差异。结果：CMPA组肠道菌群香浓指数为1.232±0.367，较健康对照组（1.885±0.281）显著降低（P<0.05）；整体上两组组成在门、属、种上存在差异（P<0.05）。在种水平上，以长双歧杆菌、两歧双歧杆菌、链状双歧杆菌、齿双歧杆菌、假链状双歧杆菌等双歧杆菌菌种丰度降低为主。母乳喂养的CMPA婴儿肠道菌群更接近健康婴儿。结论：肠道菌群的变化可能参与CMPA的发生，不仅肠道菌群多样性降低，且结构发生变化；尽早对肠道菌群进行检测，并根据检测结果对肠道菌群进行调节，对婴儿CMPA早防早治可能起到积极作用。