缺血性脑卒中缺氧免疫关键基因的鉴别及诊断价值分析

黄小兰, 杨佳磊, 梁天, 贺婉婷, 吕妙, 刘声莹, 龙建雄, 苏莉

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广西医科大学学报 ›› 2023, Vol. 40 ›› Issue (08) : 1274-1282. DOI: 10.16190/j.cnki.45-1211/r.2023.08.003

缺血性脑卒中缺氧免疫关键基因的鉴别及诊断价值分析

  • 黄小兰, 杨佳磊, 梁天, 贺婉婷, 吕妙, 刘声莹, 龙建雄, 苏莉
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摘要

目的:研究缺血性脑卒中(IS)缺氧免疫机制的相关差异表达基因和调控信号通路,以识别IS潜在诊断生物标志物。方法:从GEO数据库下载IS表达谱数据集GSE58294,采用单样本GSEA(ssGSEA)和t分布随机邻域嵌入算法(t-SNE)评估受试者的缺氧和免疫状态,使用“limma”软件包筛选差异基因(DEGs),通过DAVID在线数据库对DEGs进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,LASSO筛选与IS关键(hub)基因,然后运用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)验证hub基因的差异性表达。结果:筛选出60个IS缺氧免疫DEGs,KEGG结果显示IS缺氧免疫DEGs富集在PI3K-Akt通路,LASSO筛出6个关键基因:CHPF2、MBOAT2、IL18RAP、TIMM8A、ALDOAP2、LPAR4。CHPF2、MBOAT2和IL18RAP为上调基因(均P<0.001),而TIMM8A、ALDOAP2和LPAR4为下调基因(均P<0.001),ROC曲线显示该6个关键基因的AUC为0.894 1~0.994 3。RT-qPCR结果显示,短暂性大脑中动脉闭塞(tMCAO)小鼠中MBOAT2和IL18RAP的表达显著高于假手术小鼠(均P<0.001)。结论:IL18RAP和MBOAT2可能为IS缺氧免疫相关的DEGs,并可作为IS的潜在诊断生物标志物。

关键词

缺血性脑卒中 / 缺氧 / 免疫 / MBOAT2 / IL18RAPT

中图分类号

R743.3

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黄小兰, 杨佳磊, 梁天, 贺婉婷, 吕妙, 刘声莹, 龙建雄, 苏莉. 缺血性脑卒中缺氧免疫关键基因的鉴别及诊断价值分析. 广西医科大学学报. 2023, 40(08): 1274-1282 https://doi.org/10.16190/j.cnki.45-1211/r.2023.08.003

基金

国家自然科学基金资助项目(No.81874395;No.81860822); 广西壮族自治区自然科学基金资助项目(No.2017GXNSFDA198013;No.2018GXNSFAA281224)

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