基于3个微血管侵犯相关lncRNA的肝细胞癌预后模型的构建

吴丹丹, 杨顶, 冯奕森, 罗育, 周素芳

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广西医科大学学报 ›› 2023, Vol. 40 ›› Issue (06) : 1033-1041. DOI: 10.16190/j.cnki.45-1211/r.2023.06.020

基于3个微血管侵犯相关lncRNA的肝细胞癌预后模型的构建

  • 吴丹丹, 杨顶, 冯奕森, 罗育, 周素芳
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摘要

目的:构建与肝细胞癌(HCC)微血管侵犯(MVI)相关的长链非编码RNA(lncRNA)预后风险模型,筛选关键MVImRNA。方法:基于TCGA-LIHC数据库获得转录组数据,提取MVI-mRNA,通过相关性分析和单因素Cox分析获得预后相关的MVI-lncRNA,多因素Cox分析筛选变量构建相关风险模型。采用Kaplan-Meier分析、单因素和多因素Cox分析、受试者工作特征(ROC)曲线及主成分分析(PCA)对风险模型进行评估。按照高、低风险分组对34个HCC-MVI-mRNA进行差异分析,并进行GO、KEGG富集分析。采用RNA-seq和RT-qPCR验证HCC患者癌组织和癌旁组织中MVI-mRNA。结果:共鉴定了9种预后相关的MVI-lncRNA,通过3个MVI高度相关lncRNA:AC129492.1、NRAV、AC099850.3构建了具有预后价值的MVI-lncRNA风险模型。高风险组总生存期(OS)短于低风险组(P<0.05)。ROC结果表明风险评分(AUC=0.819,95%CI:1.576~2.250)比临床因素更准确地预测患者的生存。按高、低风险分组对MVI-mRNA进行差异表达分析,筛选出18个关键差异表达基因(DEG),GO、KEGG富集分析显示,HCC的MVI主要与小分子分解代谢和核苷酸的代谢通路相关。AASS和GLYAT在HCC中显著低表达,TYMS高表达(P<0.05)。结论:本研究建立的MVI-lncRNA模型可用于预测HCC预后,MVI相关基因TYMS、AASS和GLYAT在HCC组织中差异表达。

关键词

肝细胞癌 / 微血管侵袭 / 预后模型

中图分类号

R735.7

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吴丹丹, 杨顶, 冯奕森, 罗育, 周素芳. 基于3个微血管侵犯相关lncRNA的肝细胞癌预后模型的构建. 广西医科大学学报. 2023, 40(06): 1033-1041 https://doi.org/10.16190/j.cnki.45-1211/r.2023.06.020

基金

国家自然科学基金资助项目(No.82273103;No.81872491); 区域性高发肿瘤早期防治研究教育部重点实验室/广西重点实验室自主课题资助项目(No.GKE-ZZ202127;No.ZZ202007;No.GKE2019-09)

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