2012—2022年广西HIV-1独特重组型毒株近似全长基因序列特征分析

李媛婷, 陈荣凤, 严文霞, 廖艳研, 叶力, 蒋俊俊, 梁丽娟, 黄耀锋, 秦英梅, 黎彦君, 梁浩

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广西医科大学学报 ›› 2023, Vol. 40 ›› Issue (02) : 199-205. DOI: 10.16190/j.cnki.45-1211/r.2023.02.004

2012—2022年广西HIV-1独特重组型毒株近似全长基因序列特征分析

  • 李媛婷, 陈荣凤, 严文霞, 廖艳研, 叶力, 蒋俊俊, 梁丽娟, 黄耀锋, 秦英梅, 黎彦君, 梁浩
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摘要

目的:研究广西HIV-1独特重组型毒株(URFs)的基因重组特点,为广西HIV-1疫情防控提供科学依据。方法:对1例pol区基因序列初步判断为URF的HIV-1感染者的血液样本进行RNA提取、巢式PCR扩增全长基因并测序,从PubMed等数据库检索2012—2022年发表的有关广西URFs近似全长基因组的文章及对应的序列,构建系统进化树,并进行重组模式、断点分析和耐药突变位点分析。结果:测序获得1例长度约8.9 kb的URF,该URF是以CRF08_BC为骨架插入CRF01_AE片段构成的二代重组毒株。将该URF与数据库中检索到的12例广西URFs共同分析,发现广西URFs主要来源于性传播途径感染者和静脉吸毒感染者。所有URFs均包含CRF01_AE片段,以01_AE/07_BC重组比例最高(69.2%,9/13),1例URF含有主要耐药位点。结论:广西已鉴定的URFs数量较少,以01_AE/07_BC重组为主,应加强对URFs的监测和鉴定,以全面了解广西HIV-1重组毒株的特点。

关键词

人类免疫缺陷病毒 / 独特重组型毒株 / 重组特征

中图分类号

R512.91

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李媛婷, 陈荣凤, 严文霞, 廖艳研, 叶力, 蒋俊俊, 梁丽娟, 黄耀锋, 秦英梅, 黎彦君, 梁浩. 2012—2022年广西HIV-1独特重组型毒株近似全长基因序列特征分析. 广西医科大学学报. 2023, 40(02): 199-205 https://doi.org/10.16190/j.cnki.45-1211/r.2023.02.004

基金

国家自然科学基金资助项目(No.81971934); 广西重点研发计划资助项目(No.桂科AB18050022)

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