HIV-1感染长期不进展者外周血单个核细胞中的环状RNA表达谱

廖银璐, 易春杏, 陈秀, 覃彤雪, 陶婞, 李金苗, 黄有金, 韦雯菲, 陈荣凤, 蒋俊俊

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广西医科大学学报 ›› 2022, Vol. 39 ›› Issue (12) : 1883-1890. DOI: 10.16190/j.cnki.45-1211/r.2022.12.004

HIV-1感染长期不进展者外周血单个核细胞中的环状RNA表达谱

  • 廖银璐, 易春杏, 陈秀, 覃彤雪, 陶婞, 李金苗, 黄有金, 韦雯菲, 陈荣凤, 蒋俊俊
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摘要

目的:了解HIV-1感染的长期不进展者(LTNP)和典型进展者(TP)外周血单个核细胞(PBMC)中的环状RNA(circRNA)表达谱,探究circRNA对HIV-1感染发病机制的潜在作用。方法:分别采集3例LTNP和TP的血液样本,分离PBMCs进行circRNA测序,通过edgeR鉴定差异表达的circRNA,并对这些差异表达的circRNA亲本基因进行GO和KEGG功能分析。使用生物信息学工具构建circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络,并利用外部数据对下游调控的基因进行验证。结果:两组共鉴定出155个差异表达的circRNA,LTNP中大多数circRNA表达下调。GO和KEGG富集分析显示,20种途径可能与HIV-1感染长期非进展有关,包括自然杀伤细胞介导的细胞毒性途径。circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络包括14个circRNA,17个miRNA和129个mRNA,另一个数据集验证了下游15个mRNA的差异表达,可能被circRNA调控的基因主要包括FOXP4、GP6、C9orf116等。在circRNA-miRNA-mRNA互作网络中,circRNA_chr1:39804878|39808198和circRNA_chr18:44701174|44703102可能通过充当miRNA海绵调节其靶基因NUML和Cav-1的表达影响HIV疾病进展。结论:与TP相比,LTNP的PBMC中大多数circRNA表达下调,circRNA亲本基因主要富集在与HIV感染相关的炎症和免疫途径上;circRNA还可以通过充当miRNA的海绵参与HIV疾病进展的调节,这为研究HIV疾病进展的机制提供了新的方向。

关键词

HIV-1 / 环状RNA / 长期不进展者 / 表达谱

中图分类号

R512.91

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廖银璐, 易春杏, 陈秀, 覃彤雪, 陶婞, 李金苗, 黄有金, 韦雯菲, 陈荣凤, 蒋俊俊. HIV-1感染长期不进展者外周血单个核细胞中的环状RNA表达谱. 广西医科大学学报. 2022, 39(12): 1883-1890 https://doi.org/10.16190/j.cnki.45-1211/r.2022.12.004

基金

国家自然科学基金资助项目(No.81703275;No.81960602); 广西杰出青年科学基金(No.2018GXNSFFA281001)

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