基于生物信息学筛选并验证上皮性卵巢癌差异microRNA及下游mRNA

韦怡, 甘翔, 陈江静, 刘美琳, 韦丽婷, 黄玲玲

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广西医科大学学报 ›› 2022, Vol. 39 ›› Issue (05) : 734-740. DOI: 10.16190/j.cnki.45-1211/r.2022.05.008

基于生物信息学筛选并验证上皮性卵巢癌差异microRNA及下游mRNA

  • 韦怡, 甘翔, 陈江静, 刘美琳, 韦丽婷, 黄玲玲
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摘要

目的:利用生物信息学对上皮性卵巢癌(EOC)的差异microRNA及其靶基因进行筛选及分析,探索EOC诊断及预后相关的潜在生物标志物。方法:本研究首先从GEO数据库(gene expression omnibus database)筛选符合条件的数据集,用limma包筛选差异microRNAs,用在线miRNet、TargetScanHuman、miRDB预测其下游靶基因,并利用WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析。最后用GEPIA2数据库对关键基因的表达与患者进展之间的关系进行分析。结果:经过筛选后,从GEO数据库获得8个microRNAs,与对照组相比,hsa-miR-4328、hsa-miR-450b-5p在EOC中表达上调,hsa-miR-3616-3p、hsa-miR-4283、hsa-miR-1208、hsa-miR-3180-3p、hsa-miR-617和hsa-miR-1207-3p在EOC中表达下调。通过3个在线网站获取差异microRNAs对应的下游靶基因,主要涉及biological regulation,membrane-enclosed lumen,protein binding等过程,主要富集于phosphatidylinositol signaling system,neurotrophin signaling pathway等信号通路。利用GEPIA2发现高表达MLLT6[HR(high)=1.3]、TIAM2[HR(high)=1.3]的EOC患者较低表达患者的生存率低(P<0.05)。还发现MLLT6、MSI1、PKMYT1、PLAGL2、ZNF514、FBXW7、GLCCI1、MFSD6、OCRL、PIP4K2B、SLC6A9与EOC疾病分期相关。通过RT-qPCR检测,发现与正常卵巢组织相比,MLLT6在EOC组织表达下调(Z=-2.602,P<0.05),其上游的hsa-miR-450b-5p在EOC组织中的表达上调(Z=-3.071,P<0.05)。结论:MLLT6可能与EOC的发生发展密切相关,且可作为提示EOC预后的指标之一;hsa-miR-450b-5p/MLLT6可能为提示EOC的生物指标。

关键词

上皮性卵巢癌 / microRNA / GEO / 生物信息学

中图分类号

R737.31

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韦怡, 甘翔, 陈江静, 刘美琳, 韦丽婷, 黄玲玲. 基于生物信息学筛选并验证上皮性卵巢癌差异microRNA及下游mRNA. 广西医科大学学报. 2022, 39(05): 734-740 https://doi.org/10.16190/j.cnki.45-1211/r.2022.05.008

基金

国家自然科学基金资助项目(No.81760272); 广西自然科学基金重点项目资助(No.2016GXNSFDA380010)

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