目的：基于高通量测序（NGS）技术筛选风湿性心脏病（RHD）与非RHD患者的瓣膜组织中的差异mRNA。方法：选取2020—2021年在广西医科大学第一附属医院行二尖瓣置换术的RHD患者（RHD组）和非RHD患者（Con组），取瓣膜组织进行基因NGS，对显著差异基因进行基因功能（GO）富集分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路分析，然后通过蛋白相互作用（PPI）网络筛选关键基因，通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证关键基因表达。结果：两组瓣膜组织共4 498个差异表达基因，其中2 315个上调，2 183个下调，显著差异表达有530个，筛选出FN1、CD44、VCAM-1 3个关键基因。与Con组比较，FN1、CD44、VCAM-1在RHD组瓣膜组织中的表达均上调（P<0.05）。GO分析结果显示，主要富集的生物学过程（BP）为细胞外基质（ECM）及结构的组装和分解，主要的细胞成分（CC）为细胞外基质，显著的分子功能（MF）为钙黏着蛋白结合和肌动蛋白结合。KEGG通路显著富集于细胞基质黏着、白细胞跨内皮转移、ECM受体相互作用等信号通路中。结论：NGS筛查出RHD患者与非RHD患者瓣膜组织中差异表达基因FN1、CD44、VCAM-1，可能在ECM受体相互作用和白细胞跨内皮转移等信号通路中发挥重要作用。