目的：利用转录组RNA测序分析筛选与肝癌（HCC）预后相关的miRNA。方法：对正常肝细胞HL7702和HCC细胞Huh7、HepG2和Hep3B进行转录本RNA测序，筛选出HCC细胞与正常肝细胞之间的差异表达miRNAs，对差异表达miRNAs进行生物信息学分析，RT-qPCR验证miR-429表达水平，文献分析miR-429与HCC关系。结果：筛选出在Huh7、HepG2和Hep3B中差异表达的miRNAs共100个，其中上调39个，下调61个；KEGG通路分析表明，差异表达miRNAs主要富集于在多糖降解、癌症中的蛋白聚糖、ErbB等信号通路，其中miR-429在4条信号通路中被富集到。转录组RNA测序和RT-qPCR实验显示miR-429在HCC细胞中高表达，利用Kaplan-Meier plotter数据库对其进行生存分析发现，miR-429高表达的HCC患者总体生存期短（HR=1.63,95%CI:1.14～2.31,P<0.05），文献分析发现miR-429在HCC组织和细胞中高表达，且miR-429高表达是HCC患者生存时间的危险因素。结论：miRNA在HCC细胞和正常肝细胞中存在表达差异，筛选出在HCC细胞中高表达的miR-429有望作为HCC患者预后标志物。