目的 探讨锥形束CT (CBCT)和免疫组织化学染色在根尖周囊肿、根尖周肉芽肿和牙源性角化囊肿鉴别诊断中的应用价值。方法 收集143例根尖周囊肿和45例根尖周肉芽肿患者的临床病理及影像学资料，分析二者诊断结果的一致性；选取根尖周囊肿29例，牙源性角化囊肿24例，分别进行免疫组织化学染色（CK14、CK19、CD57和Ki-67），分析免疫组织化学染色在根尖周囊肿诊断中的价值。结果 根尖周囊肿经CBCT诊断准确率为68.5%，根尖周肉芽肿经CBCT诊断准确率为44.4%，但CBCT诊断结果与病理学诊断结果的一致性较差（Kappa<0.4）。CBCT诊断根尖周囊肿的正确性与发病部位（P=0.033）、上皮剩余（P=0.036）和泡沫细胞（P=0.027）有相关性，而与胆固醇裂隙、出血、钙化、急慢性炎症以及炎症程度无相关性（P>0.05）。根尖周囊肿和牙源性角化囊肿中上皮标志物的表达：大部分病例CK14和CK19阳性表达，CD57阴性表达。细胞增殖活性标志物的表达：根尖周囊肿的Ki-67阳性细胞率为1%～3%，严重感染会增加至15%；牙源性角化囊肿Ki-67阳性细胞率为1%～3%或10%～80%。结论 CBCT诊断根尖周囊肿和根尖周肉芽肿的敏感性较好，而特异性较差。CBCT诊断根尖周囊肿的正确性与发病部位、上皮剩余以及泡沫细胞相关，而与胆固醇裂隙、出血、钙化、急慢性炎症以及炎症程度无关。牙源性角化囊肿患者Ki-67表达阳性细胞数高于根尖周囊肿，且主要定位于副基底细胞层。