随着气候模式在古气候研究中的应用越发广泛，更加准确的古地理边界条件重建成为研究深时气候变化机制的关键，而古地理边界条件重建过程中的不确定性却少有人关注。本研究基于古海陆分布、古海深、古地形重建方法及资料选择，研究古地理边界条件重建过程中的不确定性以及其对气候模式模拟结果的影响。结果显示，重建过程中板块运动模型的选择、海陆分布的修正、海洋洋壳年龄数据的更新、大洋深度—洋壳年龄关系模型选择、沉积物模型选择以及古地形高度代用指标的选择都会导致不同的古地理边界条件重建结果。更重要的是，这种古地理边界条件的差异会进一步影响模式模拟结果中的温度、盐度以及洋流等重要的气候环境变量。这表明重建气候模式中古地理边界条件时需根据具体需求合理选择重建资料，同时也需基于密集和可靠的代用指标进一步优化重建资料，从而减少古地理边界条件对古气候模式结果可靠性的影响。