为了快速、准确地检测副结核分枝杆菌(Mycobacterium avium subsp.paratuberculosis,MAP),本试验以其特异性基因F57作为检测靶标,设计并筛选了引物和探针,建立了重组酶介导的核酸等温扩增(RAA)荧光检测方法。并应用该方法对116份牛、羊临床样本进行了检测。结果表明,使用引物与探针组合B12F/B2R(0.4μmol/L)和Probe B(0.12μmol/L),可在42℃的恒温条件下反应20 min检测到MAP;该检测方法与羊大肠杆菌、梭菌及牛病毒性腹泻等11种常见牛羊病原体无交叉反应。最低检出限为1.0×10～2拷贝/μL,变异系数为3.77%～5.29%。在临床样本中检测到阳性样本24份,与GBT 27637—2011的符合率为88.89%。综上所述,本研究建立的MAP荧光RAA检测方法具有简单快速、特异性强、灵敏度高、重复性良好且与国家标准符合率高的优点,适用于临床检测和流行病学研究。