为了解新疆地区马腺疫链球菌(Streptococcus equi subsp.equi,S.equi)分离株XJ 5012的基因组特征，探究其毒力及进化、耐药表型及耐药基因型的相关性，为马腺疫的有效防控提供理论依据。本研究对S.equi XJ 5012进行了全基因组测序，对获得的测序序列进行16S rRNA进化、SeM基因分型、耐药基因及毒力基因的比较与分析，并对其进行了抗菌药物敏感性试验。药敏试验结果表明，该菌对阿莫西林、氨苄西林、头孢呋辛、头孢噻呋、头孢西丁、链霉素、红霉素、土霉素、左氧氟沙星、诺氟沙星、环丙沙星、利福平、克林霉素、磺胺嘧啶钠共14种抗菌药物敏感，对青霉素、庆大霉素、克拉霉素、多西环素、四环素、恩诺沙星共6种抗菌药物耐药。全基因组测序结果表明，S.equi XJ 5012基因组大小为2.21 Mb, GC含量为41.31%,含有2 264个编码基因。耐药基因数据库注释分析的结果显示，该菌株携带有135个耐药相关基因，且耐药基因主要分为大环内脂类、喹诺酮类、氨基糖苷类、多肽类、四环素和β-内酰胺类抗生素耐药基因，耐药基因的携带情况与药敏试验验结果具有明显的一致性。毒力基因数据库注释显示该菌株携带197个毒力相关基因，主要包括黏附、抗吞噬、胞外酶、分泌、铁摄取等毒力基因。基于16S rRNA基因构建系统发育树显示菌株XJ 5012与S.equi 4047亲缘关系最近；基于SeM基因分型分析结果显示S.equi XJ 5012为SeM-217,该基因型与新疆地区分离株的SeM-209、SeM-215及国外分离株的SeM-195和SeM-196亲缘关系较近。本研究利用第3代测序技术对XJ 5012基因组进行深度测序分析，为更全面深入地认识该菌的基因组、分子流行特征及耐药性提供了参考，并为今后S.equi感染的防控及致病机制研究奠定试验基础。