羊肠道病毒(caprine enterovirus, CEV)是新发现的感染山羊的重要腹泻病病原之一。为了解CEV在江苏省部分地区羊群中的流行情况，从江苏省8县市采集了410份羊粪便样品，包括腹泻样品212份、非腹泻样品198份。通过RT-PCR方法检出CEV阳性127份，各地阳性率差异较大，分布在12.50%～62.50%,总阳性率则高达30.98%,分析腹泻和非腹泻样品阳性率，发现CEV是导致山羊腹泻的重要病原之一。对获得的CEV毒株VP1序列同源性和遗传进化分析表明，江苏省流行的CEV亚型包括EV-G5、G7、G21、G22和G23,其中G21～G23均为新的亚型。同源性分析表明，检测毒株的5′-UTR、VP1和2AB序列与CEV-JL14等国内参考毒株的同源性分别为71.8%～95.8%、56.9%～95.0%和77.9%～98.4%,其中HaiMen-SJH株的5′-UTR和2AB序列与其他参考序列差异较大，在遗传进化关系中形成独立分支。根据流调结果，CEV感染在江苏省各地区广泛存在，是造成山羊腹泻的重要病因之一，不同地区流行毒株及流行情况均存在差异。本研究丰富了我国CEV的流行病学资料，为针对性地防控羊新发肠道病毒感染提供了理论依据。