为了解四川地区流行的猪腹泻病毒类型及其分子流行病学特征，本研究用荧光定量PCR对2021—2023年四川省多个地区来源的猪腹泻样本进行检测；用RT-PCR对猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪A群轮状病毒(PoRVA)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)和猪捷申病毒(PTV)进行分型鉴定，并分析其基因变异性、遗传进化特征和重组事件。结果显示，PEDV、PoRVA、PDCoV和PTV在四川地区仍呈现流行趋势，其总体阳性率分别为：14.2%(40/281)、13.2%(37/281)、15.6%(44/281)和12.5%(35/281),以PEDV与其他病原混合感染最为常见。本次检测共获得6株G2b型PEDV、3株G3型PDCoV、3株G9P[13]型PoRVA、1株G3P[13]型PoRVA、3株5型PTV、1株9型PTV。6株PEDV毒株与CV777、DR13、KPEDV-9、Chinju99、KNU-0801、AJ1102和LW/L等7个疫苗毒株相比在COE区和S1D中和表位区存在多个氨基酸突变位点；其中PSCLZ01和PSCMY04株在进化树中单独形成一个小支。3株PDCoV与四川往年流行毒株的遗传进化距离较近，但与其相比存在6～48个氨基酸的突变。4株PoRVA与早期疫苗株LLR相比，VP4基因有104～108个氨基酸变异，VP7基因有25个共同的氨基酸变异；从进化树上看，RSCMY01/G3P[13]的VP7基因与黑龙江毒株LNCY同属一个分支，但其VP4基因又与四川SCYA-C7聚为一支，表明该株PoRVA可能是在不同基因型毒株跨省际间传播过程中发生了基因重配。值得注意的是，本次检出PTV-5型和PTV-9型样本中，其他腹泻病毒均为阴性，表明上述两种基因型PTV可能是猪腹泻的重要病原。此外，PEDV PSCLZ01株和PDCoV PCSCMY02株的S基因都发生了重组事件，且亲本毒株来自国内外不同地区。上述结果揭示了近年四川地区流行的主要猪腹泻病毒类型及其基因多样性和遗传变异规律，丰富了四川地区猪腹泻病原的分子流行病学资料，为本地区猪腹泻病的防控和净化提供了重要的理论依据。