采集了新疆8个地区15个牛场421份4月龄内犊牛的肛拭子，应用RT-PCR方法扩增牛冠状病毒(bovine coronavirus, BCoV)N基因和S基因，对S基因蛋白序列进行遗传进化分析。结果显示，BCoV个体核酸阳性率为19.91%(67/421),7～30日龄犊牛阳性率为33.59%(44/131),有临床腹泻症状犊牛的核酸阳性率为18.21%(57/313),伊犁地区最高34.88%(15/43);获得3条S基因序列，全长分别为4 092、4 092、4 093 bp,与参考序列核苷酸同源性为98.88%～99.46%;遗传进化分析显示3条S基因与国内四川毒株SWUN/NMG-13(MW711304.1)和BCOV-China/SWUN/LN4(MK095182.1)核苷酸同源性最近，为99.3%～99.4%,均属于GⅡ型；与国内外17株参考毒株相比，所测毒株存在23个氨基酸位点突变，均在I113V、D115A、S501P和T510S位点出现突变。结果表明，新疆地区1～4月龄犊牛普遍存在BCoV感染，且S蛋白存在部分突变。本研究揭示了新疆牛场犊牛BCoV不同月龄和地域流行分布及其S蛋白的变异特征，为BCoV防制提供了依据。