唾液乳杆菌CICC23174株全基因组测序及功能分析

王丽屏, 邓玲聪, 王大红, 王茂鹏, 尹革芬

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中国兽医学报 ›› 2024, Vol. 44 ›› Issue (02) : 290-297. DOI: 10.16303/j.cnki.1005-4545.2024.02.11

唾液乳杆菌CICC23174株全基因组测序及功能分析

  • 王丽屏, 邓玲聪, 王大红, 王茂鹏, 尹革芬
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摘要

为探究唾液乳杆菌CICC23174株的生物学特性和基因功能,本研究以从鸡肠道分离得到的唾液乳杆菌CICC23174株为研究对象,通过使用二代测序平台HiSeq2000进行测序,利用多种生物学信息软件对原始数据进行组装和优化,并对其基因信息进行功能注释、细菌素和信号肽预测、基因共线性比较和分子进化树分析。基因预测结果表明,唾液乳杆菌CICC23174株基因组大小为203 542 bp, GC含量约为32.84%,基因组特征显示其编码基因1890个,含有3个细菌素和50个信号肽。重要的是,唾液乳杆菌CICC23174株含有27个特有基因,构成4个系统分别为Ⅰ型-CRISPR-Cas基因防御系统、Ⅱ型毒素-抗毒素系统、肿瘤抑制基因和蛋白分泌途径。而且基因共线性分析发现CICC23174株与模式菌株UCC118唾液乳杆菌最为相似,但是16S rRNA分子进化树结果表明CICC23174株与唾液乳杆菌FZJTZ9M6株遗传距离较近。本研究结果为丰富唾液乳杆菌的物种进化库,挖掘唾液乳杆菌潜在的益生功能奠定了基础。

关键词

唾液乳杆菌CICC23174株 / 基因组学 / 生物信息学 / 功能注释 / 细菌素 / 基因共线性分析

中图分类号

S852.61

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王丽屏, 邓玲聪, 王大红, 王茂鹏, 尹革芬. 唾液乳杆菌CICC23174株全基因组测序及功能分析. 中国兽医学报. 2024, 44(02): 290-297 https://doi.org/10.16303/j.cnki.1005-4545.2024.02.11

基金

云南省生猪重要疫病防控技术体系构建及应用资助项目(A3032021146); 国家生猪技术创新中心先导科技资助项目(NTCIP-XD/B11); 温州市特派员专项基金资助项目(X2023085); 温州市农业丰收计划资助项目(FSJH2022003)

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