目的 分析2001—2020年度国家自然科学基金(NSFC)中西医结合医学学科项目资助情况。方法 检索NSFC、LetPub、梅斯医学、科研Z库等平台NSFC资助中西医结合医学学科项目信息，利用定量分析方法对资助项目数量和金额、项目类别、申报代码、依托单位、主题词、疾病种类、干预措施等进行分析。结果 2001—2020年共资助中西医结合医学学科项目3 459项，总资助金额138 120.20万元。面上、青年科学基金项目是主要资助类型。资助主体以上海中医药大学、北京中医药大学、天津中医药大学等高校为主。学科代码集中在H3302中西医结合临床基础。资助项目以作用机制为研究重点，主要围绕细胞自噬、信号通路和代谢组学等展开。研究疾病集中在动脉粥样硬化、肿瘤、糖尿病肾病等，干预措施以中药复方为主。结论 国家较为重视中西医结合医学学科发展，项目资助倾向于科研实力较强的研究单位。资助项目集中于临床常见病种。同时，资助类别项目间存在差异，建议继续加强优势研究方向，布局薄弱方向，开拓新方向，促进中西医结合医学学科均衡发展。