目的 观察二陈汤和参苓白术散对肥胖2型糖尿病大鼠肠道菌群的影响，探索“同病异治”的科学内涵。方法 5周龄雄性糖尿病型大鼠（zucker diabetic fatty,ZDF）大鼠随机分为模型组、二陈汤组和参苓白术散组，其同窝瘦型为对照组。二陈汤组和参苓白术散组每日分别予以4.58 g/kg和24 g/kg对应方剂灌胃干预，余组予等量超纯水，共4周。对大鼠结盲肠内容物进行16S rRNA测序并分析。结果 二陈汤和参苓白术散可以共同升高的菌属为Lactobacillus、Blautia、Dorea，而其调控的不同之处在于二陈汤可以降低Holdemania、Ruminococcus、Atopostipes等7种菌属丰度，同时增加Blautia、Clostridium、Lactobacillus等20种菌属丰度，而参苓白术散则可以降低Allobaculum、＿Eubacterium＿、Coprococcus等7种菌属丰度以改善糖脂代谢紊乱，延缓肥胖2型糖尿病的发生发展。其功能富集显示明显异同。结论 二陈汤和参苓白术散可以通过调节ZDF大鼠肠道菌群来改善肥胖2型糖尿病，生物靶标的差异反映了两方剂中医功效的区别，为“同病异治”的中医理论生物学基础作出初步探索。