肠道菌群是指寄居在肠道内数量庞大、种类繁多的微生物群。遗传、环境因素(如运动、饮食)和早期生活(如婴儿期的喂养方式)等均可影响肠道菌群在机体内的生态平衡。肠道生态失调与肠外疾病(如帕金森综合征、骨质疏松、自身免疫性疾病等)相关，故肠道菌群的紊乱可能是这些疾病发病的原因之一。运动对多种疾病有益处，肠道菌群参与神经系统、运动系统、免疫系统的调控。肠道菌群可以通过肠-脑轴、肠-肌轴、免疫等途径影响机体的健康状态；中等强度的有氧运动可以增加肠道菌群的数量，改变菌群丰度，但短期运动对菌群的α多样性无明显影响，抗阻运动对于肠道菌群亦无明显的调控作用。