三焦辨证体系为温病学家吴瑭在继承先辈思想基础上论治温病所创，“自上而下”是其传变规律，其对阐释EB病毒和肺炎支原体感染的发生、发展及治疗具有重要意义。EB病毒和肺炎支原体为儿科常见呼吸道病原体，本文基于三焦辨证、“鼻气通于肺”、“口气通于胃”理论，结合二者感染后临床表现，论证其病机演变之异同。二者均属湿热类温病范畴，具有弥漫三焦之特点，但EB病毒感染临床表现以中下二焦为主、上焦为次，肺炎支原体感染以上中二焦为主、下焦为次。二者可存在合并感染并通过免疫机制攻击全身免疫系统，导致机体“阴阳”失衡。从传变规律看二者存在肺炎支原体感染主要向上中二焦传变，EB病毒感染主要向中下二焦传变的差异。临床论治二者感染均可选择清热祛湿的治疗方法，遣方用药以三焦畅通、气化如常为目标。本文从动态传变角度探讨EB病毒、肺炎支原体感染临床表现的异同，并立足于三焦辨证理论和研究现状分析二者感染后辨证论治方案，以期为中医药辨治EB病毒、肺炎支原体感染提供参考。