目的 对比滤膜法与涂抹法在软式内镜消毒效果评估中的应用价值。方法 抽取2022年1月-2022年11月该院消化内镜中心清洗消毒后的242条软式内镜，所有内镜均采用滤膜法和涂抹法检测消毒效果，比较两种检测方法的合格率、病原菌检出率、菌落检出情况和使用成本。结果 242条软式内镜中，滤膜法检测总合格率低于涂抹法，病原菌总检出率和菌落检出数明显多于涂抹法，差异均有统计学意义（P <0.05）。两种评价方法中，胃镜检出菌落数均以≤100 cfu/件为主；肠镜检出菌落数均以≥100 cfu/件为主，但两组组间比较，差异无统计学意义（P> 0.05）。滤膜法的经济成本和时间成本均高于涂抹法（P <0.05），同时，滤膜法增加了976元的抽滤系统年折旧费。结论 相较于涂抹法，滤膜法对软式内镜消毒的评估效果更佳，但其经济成本和时间成本也更高。为建设绿色环保型医院，需适当增加内镜中心投入，推荐应用滤膜法。