目的 探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)技术在小儿神经外科术后颅内细菌感染诊断中的应用。方法 分析2020年1月1日—2023年8月31日在中南大学某医院儿童重症监护病房住院的神经外科手术后符合颅内细菌感染诊断标准(包括临床诊断及确诊)病例的临床资料，2021年10月起，在经验性使用抗颅内感染药物前送检脑脊液培养和mNGS检测。对脑脊液mNGS结果阴性病例，结合脑脊液培养结果及临床资料，不进行或尽早停用经验性抗颅内感染治疗并追踪随访。结果 共纳入43例病例，其中临床诊断组38例，病原学诊断组5例。脑脊液常规及生化指标两组间比较，差异均无统计学意义(均P>0.05)。临床诊断组38例病例中，2020年1月—2021年9月10例临床诊断病例(对照组),临床诊断颅内感染后接受经验性抗菌药物治疗；2021年10月—2023年8月28例临床诊断颅内感染病例(干预组)mNGS病原学和脑脊液培养均阴性，16例病例未进行经验性抗颅内感染治疗，另12例在mNGS回报阴性后结合临床资料及时停止经验性抗颅内感染治疗，追踪随访28例病例均无细菌性脑膜炎发生，入颅抗菌药物平均使用时间[0(0,4) d]低于对照组10例临床诊断病例抗菌药物平均使用时间[8(7,11) d,P<0.05]。结论 脑脊液mNGS可以提高神经外科术后颅内细菌感染病例病原学检出率，mNGS检测结果有助于指导神经外科术后颅内细菌感染临床诊断病例抗菌药物的合理使用。