施用有机物料和微生物菌剂是次生盐渍化土壤修复的有效措施。以江苏南通次生盐渍化程度不同的设施蔬菜土壤为研究对象，通过设置不施用有机物料(CK)及施用生物有机物料(秸秆+菌剂，BIO)处理，分析BIO处理土壤理化性质及细菌群落与功能特征，探讨BIO对不同程度次生盐渍化设施蔬菜土壤的改良效果。结果表明：与CK处理相比，BIO处理土壤硝酸盐含量显著降低，有机质和铵态氮含量显著提高。BIO处理土壤细菌多样性和丰度显著降低，且驱动中度次生盐渍化土壤细菌群落向富营养型细菌群落转变，主要表现为β-Proteobacteria和Bacteroidetes的增加；促进重度次生盐渍化土壤寡营养类群(Acidobacteria和Chloroflexi)丰度显著增加。功能预测显示，BIO处理后，亚硝酸盐异化还原途径基因相对丰度在中度次生盐渍化和重度次生盐渍化土壤中分别增加19.79%和56.84%,与硝酸盐和铵态氮含量分别呈显著负、正相关。综上，生物有机物料施用可能通过增强硝酸盐向铵态氮转化以降低盐渍化土壤硝酸盐含量，且这种作用在重度次生盐渍化土壤中更为突出。