目的：观察精神分裂症患者经奥氮平治疗后血清同型半胱氨酸（Hcy）、脑源神经营养因子（BDNF）水平变化与其认知功能的关系。方法：纳入2020年1月至2022年12月商丘市第二人民医院收治的60例精神分裂症患者，所有患者均接受奥氮平治疗，对比患者治疗前、治疗3个月后Hcy、BDNF水平；依据患者认知功能将其分为认知功能正常组与认知功能障碍组，对比两组治疗前临床资料及Hcy、BDNF水平，采用点二列相关性分析二者与患者认知功能的关系。结果：治疗3个月后的Hcy、BDNF水平与治疗前比较差异有统计学意义（P <0.05）；认知功能障碍组Hcy水平、BDNF水平与认知功能正常组比较差异有统计学意义（P <0.05）；经点二列相关性分析，精神分裂症患者认知功能与Hcy水平、BDNF水平相关（P <0.05）；经Logistic回归分析，Hcy水平、BDNF水平是精神分裂症患者认知功能的影响因素（P <0.05）；绘制ROC发现，血清Hcy、BDNF水平能预测精神分裂症患者认知功能障碍。结论：Hcy、BDNF水平与精神分裂症患者认知功能密切相关，而奥氮平能够调节Hcy、BDNF水平。