目的 评价乙型肝炎病毒(HBV)基因型与恩替卡韦抗病毒疗效的关系。方法 对随机选取的88例HBV e抗原(HBeAg)阳性的慢性乙型病毒性肝炎(CHB)患者给予恩替卡韦抗病毒治疗96周，治疗前确定HBV基因型，分别于治疗前及治疗后24、48、96周检测肝组织HBV共价闭合环状DNA(cccDNA)、血清HBV cccDNA、HBV DNA、HBV表面抗原(HBsAg)、HBeAg定量、肝功能等指标。结果 本组B、C基因型CHB患者谷氨酸氨基转移酶(ALT)水平、肝组织cccDNA及血清学指标含量的差异无统计学意义(P>0.05);B型与C型基因患者在恩替卡韦治疗96周时，肝组织HBV cccDNA、血清学应答率的差异有统计学意义(P<0.05),B型下降幅度大于C型。结论 徐州地区CHB患者HBV基因型与肝组织HBV cccDNA含量、血清学指标及肝功能水平无直接关系。恩替卡韦的抗病毒疗效B基因型优于C基因型。检测HBV基因型及肝组织HBV cccDNA、相关血清学指标对于临床优化CHB抗病毒治疗方案、评价疗效有重要意义。