目前对哺乳动物受精卵到囊胚发育命运的研究较为清楚，但囊胚孵化到着床前的分化过程还不明确，囊胚有两种孵化结局，即孵化和未孵化，故初步分析了囊胚两种孵化结局的发育差异．通过分析不同孵化结局囊胚的转录组，发现囊胚由扩张到孵化过程中基因表达呈现特异的趋势，1 433个基因在孵化过程中表达上调，743个基因表达下调；如果囊胚未能孵化，这部分上调基因的表达调控受到显著抑制．孵化与未孵化囊胚间的差异基因涉及免疫与炎症、细胞分化、凋亡等生化过程，提示这些分子可能与着床过程的母胎识别相关．通过q PCR分析发现，孵化囊胚相较未孵化囊胚，基因Podxl、Lama1、Ptk2b表达上调，Pramel17、Amigo2、Pramel31表达下调，数据与转录组分析结果一致．结果表明：小鼠囊胚在孵化过程中基因表达呈现特定的分化，决定了孵化与否的命运结局，分化也与胚胎着床能力形成相关．