艾比湖（Ebinur Lake）是中国新疆最大的咸水湖，近年来受气候变化和人类活动的影响，湖面急剧萎缩，水体污染愈发严重，湖水中的微生物资源亟待研究和保护．通过多点采集艾比湖水样，提取总DNA，用细菌16S rRNA和真菌18S rRNA通用引物进行扩增，扩增产物经Illumina HiSeq平台进行高通量测序，使用BLAST、USEARCH、QIIME等软件和在线工具分析艾比湖微生物的多样性并预测微生物的功能基因组成．结果显示：从艾比湖水体样品中获得细菌和真菌的有效读序分别为80 290条和80 117条，聚类为486个细菌OTUs和391个真菌OTUs．细菌分属25个门158个属，其中：优势菌门为变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门；优势菌属为玫瑰变色菌属、盐单胞菌属和嗜冷弯菌属．真菌分属6个门94个属，其中：优势菌门为担子菌门和子囊菌门；优势菌属为芽枝孢属、散尾鬼笔属和隐球菌属．另外，艾比湖含有多种特有的嗜盐或耐盐的细菌和真菌．功能基因预测分析表明：艾比湖菌群多种代谢功能相关基因的丰度较高，并含有多种异源生物降解相关基因．艾比湖丰富多样的微生物资源，富含的嗜盐和耐盐微生物，其菌群含有的芳香族和有机氯等化合物降解相关基因，在湖泊污染物的降解和生物修复中可能发挥重要作用．