目的 利用单细胞转录组(scRNA-seq)数据分析，高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)探索缺血性脑卒中(IS)巨噬细胞亚群。方法 基于单细胞测序数据获得不同细胞类型的转录组信息，并选择巨噬细胞进行亚群鉴定。利用hdWGCNA、细胞通讯和拟时序分析等方法探讨IS后巨噬细胞的亚群特征，并结合芯片数据筛选出与IS相关的枢纽基因进行接收者操作特征(ROC)分析验证其诊断价值，通过基因集富集分析(GSEA)探究其潜在功能。结果 scRNA数据分析显示IS后巨噬细胞的亚群组成显著变化，其中一个巨噬细胞亚群在卒中组中富集，命名为MCAO-特异性巨噬细胞(MSM)。拟时序分析表明，MSM处于巨噬细胞分化的中间阶段。细胞通讯分析揭示MSM与其他细胞间存在复杂相互作用，CC基序趋化因子配体6/CC基序趋化因子受体1(CCL6/CCR1)信号轴可能在神经炎症中发挥重要作用。hdWGCNA识别出与MSM相关的两个基因模块，显著富集于核苷酸结合寡聚结构域样受体(NLR)和抗原加工等信号通路。通过筛选MSM差异基因与常规转录组数据，识别精氨酸酶1(Arg1)、C型凝集素结构域家族4成员D(CLEC4D)和C型凝集素结构域家族4成员E(CLEC4E)这3个与IS相关的枢纽基因。结论 本研究揭示了IS后巨噬细胞亚群的特征及其功能，筛选出3个具有潜在诊断价值的枢纽基因，可能为完善IS的病理机制提供了新的见解。