脊髓损伤(SCI)是一个涉及多种细胞相互作用的复杂病理生理过程，传统的测序方法只能检测受损局部细胞群体的平均基因表达水平，难以体现其异质性，因此需要新技术揭示细胞间的异质性和复杂的细胞间相互作用。单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术通过一系列测序技术实现高分辨检测单个细胞水平表达谱，以提供有关细胞异质性和功能、潜在分子机制、细胞命运转变和参与疾病发展的细胞间相互作用的信息，为基础和转化研究提供有价值的基因表达数据，有利于从中找出针对性治疗的干预靶点。本综述讨论了有关scRNA-seq技术及其在SCI后损伤局部免疫微环境中的多方面应用，将有助于更全面了解SCI免疫微环境的病理生理过程。