转录组测序是挖掘调控微藻独特生物学功能及代谢通路关键基因的重要技术手段之一，但目前国内外对于不同盐浓度处理下的紫球藻（Porphyridium）转录组测序研究很少。为进一步挖掘不同浓度盐处理条件下紫球藻的功能基因，分析其参与的关键代谢通路，探究其在该藻类生长发育、生物活性物质合成及其产业化应用中的价值，本研究运用形态学、生理生化、分子生物及生物信息技术，分别对基础培养基条件（0.06 mol·L-1 NaCl）、中盐（1.0 mol·L-1 NaCl）和高盐（3.0 mol·L-1 NaCl）处理条件下的紫球藻（P. purpureum）进行特征及转录组测序分析。研究共获得65 790条单基因（Unigenes），其中CDS(Coding Sequence)序列49 653条，29.81%的Unigenes可被七大生物信息数据库注释，de novo组装了357条Contigs，其中N50长度5 467 bp,GC(Guanine and Cytosine)占比58.26%。差异表达基因（Differentially Expressed Genes,DEGs）可划分为3大簇，其中高盐处理组相关基因单独聚为一簇。以基础培养基处理组为对照，中、高盐浓度处理组共筛选获得上调表达DEGs 34 016条，下调表达DEGs 69 086条，共有DEGs 15 263条。不同比较组间共有DEGs的GO(Gene Ontology)富集程度最高的是细胞膜整体组分，KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集程度最高的是RNA转运。本研究所得紫球藻转录组测序数据及组装质量较高，筛选获得的DEGs及其功能信息可在该藻类高渗透压环境下生理机制研究、高品质微藻资源分子选育及模式微藻工业应用中提供重要的参考。