线粒体是一种将物质代谢、能量代谢和遗传变异三大基本生命活动形式融于一体的半自主性细胞器，其代谢在细胞代谢网络中处于核心位置。现行的代谢组学多关注于全细胞整体的代谢特征，缺乏对线粒体代谢的特异性反映。因此，针对线粒体的代谢研究十分必要。中医药针对疾病的辨证论治具有独特的优势和特色，线粒体代谢也是其重要靶点之一。基于线粒体代谢组学的中医药研究，有助于从线粒体代谢的角度揭示中药在能量代谢网络中的作用机制和靶标。目前，线粒体代谢组学研究中存在大量的问题和困难，如：线粒体的提取分离、评价和代谢物分析等。该文对线粒体代谢组学分析的现状及其在中医药领域中的研究进展进行了总结，为中医药的科学研究提供技术支持和新的研究方向。