基于网络药理学和分子对接分析蒲公英的抗胃癌机制

王静, 李璐璐, 王邵宣, 陶子爱, 贾桂岩, 董尚林

神经药理学报 ›› 2024, Vol. 14 ›› Issue (03) : 27-35+46.

基于网络药理学和分子对接分析蒲公英的抗胃癌机制

  • 王静, 李璐璐, 王邵宣, 陶子爱, 贾桂岩, 董尚林
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摘要

目的:通过网络药理学预测蒲公英抗胃癌的活性成分和主要靶点,探析其治疗胃癌的作用机制。方法:采用TCMID、PubChem以及Swiss Target Prediction等数据库检索蒲公英的潜在活性成分,预测蒲公英潜在的作用靶点。利用OMIM、Genecards、Drugbank数据库检索胃癌相关靶点,将蒲公英作用靶点与胃癌相关靶点进行交集,明确药物-疾病共同靶点。将共同靶点导入STRING数据库分析蛋白互作关系,Cytoscape 3.9.1构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图,Network Analyzer分析核心靶点。利用R软件使用Bioconductor对共同靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。根据Degree值排序,分别取前4个主要活性成分及核心靶点采用AutoDock软件进行分子对接分析。结果:获得药物潜在活性成分65个,药物靶点577个,疾病靶点1 517个,药物-疾病共同靶点118个。经分析得蒲公英中主要活性成分为artemetin、quercetin、luteolin、 myricetin、hesperetin、coniferyl aldehyde、esculetin等,蛋白核心靶点为STAT3、SRC、MAPK3、HSP90AA1、PIK3R1、MAPK1、PIK3CA等。GO分析结果获得2 402条生物过程、91条细胞组分及168条分子功能相关过程通路。KEGG分析获得163条KEGG通路。分子对接结果显示Degree值前4的主要活性成分与核心靶点的分子对接结合能均低于-5 Kcal·mol-1,表明结合活性较高。结论:蒲公英可通过多成分、多通路、多靶点发挥抗胃癌作用,为进一步探讨蒲公英的抗胃癌机制提供了依据。

关键词

网络药理学 / 蒲公英 / 胃癌 / 分子对接

中图分类号

R285

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王静, 李璐璐, 王邵宣, 陶子爱, 贾桂岩, 董尚林. 基于网络药理学和分子对接分析蒲公英的抗胃癌机制. 神经药理学报. 2024, 14(03): 27-35+46

基金

河北省医学科学研究课题计划项目(No.20220582); 张家口市科技计划项目(No.2121082D)

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