[目的]本文旨在比较番红花不同部位的代谢物和黄酮含量，为番红花非药用资源的开发和利用提供科学依据。[方法]以番红花的花瓣、雌蕊和雄蕊为试验材料，采用LC-MS技术对样本进行非靶向代谢组学分析，同时采用比色法测定不同部位的总黄酮含量，采用UPLC测定相对含量较高的黄酮类化合物含量。[结果]花瓣、雄蕊、柱头中分别鉴定出851、825、877个代谢物；三者共有代谢物有769个，在柱头、雄蕊中特有代谢产物各4个；花瓣无特有代谢物。差异代谢物主要以羧酸及其衍生物、含氧有机化合物、黄酮为主。花瓣相对于柱头上调和下调的代谢物数量分别为237、251个，其中上调的前15个化合物中有7个为黄酮，且差异代谢物在黄酮类生物合成和黄酮及黄酮醇生物合成通路中显著富集，主要包括紫云英苷、6-羟基黄酮、槲皮素、飞燕草素、木犀草素、香叶木素等。比色法结果显示番红花花器官的黄酮主要分布于花瓣。[结论]番红花不同部位含有丰富的代谢物，尤其是花瓣富含黄酮类成分。