[目的]线粒体作为重要的能量代谢细胞器，不仅可以调控宿主先天免疫通路影响病毒复制，而且其生物学功能的改变与病毒生命周期密不可分。本文旨在确定抑制日本乙型脑炎病毒(JEV)的线粒体靶向化合物。[方法]通过体外CCK-8、间接免疫荧光、蛋白免疫印迹、RT-qPCR以及细胞因子检测等试验，对382种线粒体靶向化合物抗JEV的效果进行评价，筛选到的敏感药物在小鼠体内进行抗病毒效果验证。[结果]通过药物初筛，从382种药物中筛选出9种疑似抗JEV药物，进一步的体外分子试验筛选确定了其中3种药物对JEV复制有明显的抑制作用，分别为丙酮酸钠(sodium 2-oxopropanoate)、布喹那(brequinar)及松果菊苷(echinacoside)。动物试验结果表明，3种药物有效抑制了JEV在小鼠体内的增殖，给药组小鼠体重增加明显高于对照组，血液中的病毒含量更低，死亡率更低，细胞因子水平出现显著变化，其中以布喹那给药组最为明显。[结论]成功筛选出3种抗JEV的线粒体靶向化合物，为探究线粒体在病毒复制中发挥的作用提供了借鉴，也为抗JEV的临床药物研发提供了新思路。