[目的]通过鉴定来自不同地区的35份狗牙根(Cynodon spp.)种质资源，为其种质资源的开发与利用提供理论基础。[方法]以29份狗牙根优良种质材料为研究对象，以6份源自国外的优异品种为对照，利用流式细胞术(FCM)检测染色体倍性，通过相关序列扩增多态性(SRAP)和简单重复序列(SSR)分子标记技术进行遗传多样性分析并构建DNA指纹图谱。[结果]共筛选出10对SRAP引物，扩增出155条清晰的谱带，其中多态性条带有132条，多态性比率为85.16%;筛选出10对SSR引物，扩增出166条清晰的谱带，多态性条带有144条，多态性比率为90.00%;35份狗牙根材料的遗传相似系数(GS)为0.524～0.927,变幅为0.403,表明这些材料之间存在丰富的遗传变异。基于GS进行聚类分析，在GS为0.699处，将35份狗牙根材料分为4类。利用7对SRAP引物和5对SSR引物分别构建35份狗牙根材料的DNA指纹图谱。通过FCM鉴定出各自的染色体倍性，其中二倍体1份、三倍体28份、四倍体6份。[结论]应用FCM、SSR和SRAP等技术能够充分揭示狗牙根不同种质材料间存在的遗传差异，可用于狗牙根种质资源的遗传多样性分析、种质鉴定等研究工作，为后续狗牙根新品种选育奠定基础。