将藻菌共生的微生物代谢体系用在废水的水质处理中，能快速同步去除碳氮磷等易造成水体富营养化的污染物，因此藻菌共生水处理技术具有广阔的应用前景。而数学模型能够对相关的藻菌水处理过程进行精准的抽象描述，发掘其中的变化规律，总结适宜的参数优化策略，对于工艺后续的效果强化和扩大应用具有重要意义。尽管已有许多基于生化处理的数学模型作为基础，藻菌模型在应对水质更为复杂的情况下的表现较少，需要在原有的模型体系中针对不同的水质特性和应用场景加以改良。本研究是基于藻菌共生水处理技术应用在畜禽养殖废水处理中的一系列物理化学反应和生长代谢过程，针对其反应器开发了一个MBRM数学模型。通过30 d连续运行实验研究对模型进行验证和校准，验证了该模型能根据反应器的运行参数条件和进出水水质，并且准确地模拟其中的微生物处理过程中的相关的水质变化和微生物的生长情况。