目的 对昆明市某医院2022年从手足口病患儿分离的柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CVA16）的全VP1基因区分子特征分析。方法 对昆明市某医院2022年从手足口病（hand foot mouth disease,HFMD）患儿200份临床样品粪便标本进行处理，分别通过RD细胞和Vero细胞分离，对经3次培养后仍产生细胞效应（cytopathogenic effect,CPE）的细胞培养液提取病毒核酸，然后用通用引物222/224经RT-PCR扩增并测序，序列经BLAST比对确定其血清型，对鉴定为柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CVA16）的再用特异引物CA16VP1F/CA16VP1R扩增其全VP1区并测序和拼接。下载CVA16病毒标准序列，采用Geneious 5.4.1和MEGA 6.05等软件对本研究CVA16的全VP1区的核苷酸和氨基酸序列分析。结果 经鉴定后共检出22株从Vero细胞分离CVA16和6株RD细胞分离的CVA16毒株，进一步通过特异引物扩增获得21株可用的CVA16VP1全长序列，基于全VP1基因系统进化分析，这21株CVA16全属于B1a基因型。21株CVA16全长VP1基因之间的核苷酸和氨基酸序列同源性均较高，分别为91.9%～99.6%和89.2%～99.3%；与中国CVA16 B1a基因型的其他株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.7%～96.3%和89.2%～97.0%。与CVA16 B1b其他参考株对比，其核苷酸和氨基酸序列同源性分别在84.3%～87.2%和89.2%～97.0%。与其它CVA16的B1a基因亚型相比较发现21个氨基酸位点出现变异。结论 2022年中国云南省昆明某医院引起HFMD的CVA16毒株属于B1a基因型，应继续监测以明确其流行特征。