针对地面磁共振信号非常弱，极易受电磁噪声干扰的问题，提出一种基于变分模态分解的地面磁共振谐波消噪方法.该方法采用基于改进变分模态分解的工频谐波消除方式，并根据频谱分析设定模态分量数与初始中心频率，解决了常规谐波建模消噪方法仅能处理单次采集数据而导致的运算效率慢等问题.实验结果表明，该方法在多基频或基频随时间变化等复杂噪声场景中，得到了良好的谐波分量估计效果，并可快速、有效地消除工频谐波干扰，大幅度提升了地面磁共振探测数据信噪比.