目的 分析串联质谱（tandem mass spectrometry,MS/MS）筛查相比于茚三酮-荧光法（以下简称荧光分析法）筛查新生儿遗传代谢性疾病对上海财政或者医保的影响，为MS/MS报销提供政策建议。方法采用Microsoft Excel 2019构建预算影响分析模型，模型研究时限为3年（2025—2027年），基于上海新生儿出生数据以及上海新生儿出生平均降幅预测2025—2027年新生儿人数，临床筛查数据、成本数据来源于相关统计网站、文献和医院调研数据。通过专家咨询了解全国和上海的筛查和报销政策，其中，荧光分析法主要用于苯丙酮尿症的筛查，MS/MS可用于多种新生儿遗传代谢性疾病的筛查，分别测算MS/MS筛查相比于荧光分析法对上海财政或医保的影响。结果 对财政的预算影响分析表明：2025—2027年，荧光分析法财政支出预计分别为158万元、148万元和139万元，MS/MS财政支出分别为2 275万元、2 137万元和2 006万元，MS/MS相比于荧光分析法增加的财政支出分别为2 118万元、1 988万元和1 867万元，财政支出呈逐年下降的趋势。对医保基金的预算影响分析表明：2025—2027年，荧光分析法医保基金支出预计分别为111万元、104万元和97万元，MS/MS医保基金支出分别为1 593万元1 496万元和1 404万元，MS/MS相比于荧光分析法增加的医保基金分别为1 482万元、1 392万元和1 307万元，医保基金支出呈逐年下降的趋势。政策梳理方面，串联质谱筛查费用一般由财政支付或患者自付，商业保险、慈善基金会组织等可作为基金补充来源。结论 上海市扩大新生儿遗传代谢性疾病筛查费用整体可控，为了统一支付口径，方便管理，建议上海市串联质谱筛查费用由财政支付。