高通量测序数据再分析在识别结直肠癌患者ERBB2扩增中的价值

沈敏娜, 张丽, 陈馨宁, 黄斐, 白超刚, 陈丽萌, 彭海翔, 周琰, 王蓓丽, 潘柏申, 郭玮

复旦学报(医学版) ›› 2024, Vol. 51 ›› Issue (02) : 166-171.

高通量测序数据再分析在识别结直肠癌患者ERBB2扩增中的价值

  • 沈敏娜, 张丽, 陈馨宁, 黄斐, 白超刚, 陈丽萌, 彭海翔, 周琰, 王蓓丽, 潘柏申, 郭玮
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摘要

目的评估未涵盖即ERBB2拷贝数变异(copynumbervariation,CNV)分析的高通量测序(highthroughput sequencing,HTS)数据再分析在识别结直肠癌患者ERBB2扩增中的价值。方法 回顾性分析经病理活检确诊为结直肠癌并接受外周血cfDNA高通量测序样本的检测数据252例。根据经免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)和/或荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)判断为ERBB2未扩增样本的HTS数据,计算17号染色体(Chr17)reads数占总reads数的比例范围,初步确定其为识别ERBB2扩增的阈值。根据初步阈值筛选可疑阳性样本,通过数字PCR、IHC和FISH进行验证。结果 89例经IHC和/或FISH判定为ERBB2未扩增样本的Chr17 reads数与总reads数的比值为0.239±0.192 (0.188~0.299)。以均数的1.25倍0.298作为识别ERBB2扩增的阈值分析其余163例样本数据,发现7例疑似阳性,比值为0.302~0.853。其中5例经IHC和/或FISH判定为阳性,6例经数字PCR验证为阳性,Chr17 reads与总reads数的比值与ERBB2/EIF2C1比值成正相关,相关性好(r2=0.909)。结论再分析未涵盖ERBB2 CNV分析的HTS数据可以初步识别结直肠癌患者的ERBB2扩增。

关键词

高通量测序(HTS) / 数字PCR / 免疫组织化学(IHC) / 荧光原位杂交(FISH) / 直肠癌

中图分类号

R735.34

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沈敏娜, 张丽, 陈馨宁, 黄斐, 白超刚, 陈丽萌, 彭海翔, 周琰, 王蓓丽, 潘柏申, 郭玮. 高通量测序数据再分析在识别结直肠癌患者ERBB2扩增中的价值. 复旦学报(医学版). 2024, 51(02): 166-171

基金

国家自然科学基金面上项目(82172348); 上海市宝山区医学重点专科项目(BSZK-2023-A18)

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